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伯豪生物
Visium HD | 空間基因表達(dá)

技術(shù)簡(jiǎn)介

Visium HD 開(kāi)啟了空間探索的新時(shí)代,它通過(guò)單細(xì)胞水平的分辨率增強(qiáng)了成熟的全轉(zhuǎn)錄組空間分析,實(shí)現(xiàn)了連續(xù)的組織覆蓋,并通過(guò)基于探針的創(chuàng)新化學(xué)方法和基于 Visium CytAssist 的工作流程帶來(lái)了一流的數(shù)據(jù)。

無(wú)偏好性的單細(xì)胞分辨率

此次發(fā)布的 VisiumHD 芯片摒棄了以大直徑 55um 的 spot 設(shè)計(jì),而是采用 2 *2um 的正方形當(dāng)做基礎(chǔ)分析單位,芯片中間沒(méi)有空隙。真正的能夠做到無(wú)間隙,無(wú)偏好性的單細(xì)胞分辨率水平的空間轉(zhuǎn)錄組。目前 HD 芯片發(fā)布捕獲框大小是 6.5*6.5mm 的規(guī)格,可檢測(cè)物種是人和小鼠,兼容石蠟樣本。

000

▲Visium HD  空間基因表達(dá)玻片包含兩個(gè) 6.5 x 6.5 mm 的捕獲區(qū)

0000

▲Visium HD  空間基因表達(dá)玻片的捕獲區(qū)含有約 1100 萬(wàn)個(gè) 2 x 2 μm 連續(xù)區(qū)塊,實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞水平的空間分辨率。


 Visium
111111
 Visium HD
222222


搭載 Visium CytAssist 獲得最好的數(shù)據(jù)  

Visium HD 將強(qiáng)大的全轉(zhuǎn)錄組空間基因表達(dá)與單細(xì)胞尺度分辨率結(jié)合起來(lái),來(lái)發(fā)現(xiàn)每一微米組織中獨(dú)特的生物學(xué)特性。同時(shí)啟用 CytAssist  儀器,讓樣本在簡(jiǎn)單的運(yùn)行工作流中獲得最好的數(shù)據(jù)。

222

▲全轉(zhuǎn)錄組、單細(xì)胞分辨率、連續(xù)覆蓋

333

▲通過(guò) Visium CytAssist 實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)的轉(zhuǎn)錄本定位

44

▲通過(guò)高分辨率的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)來(lái)增強(qiáng) H & E 或 IF 成像后的樣本。

55

▲從 FFPE 組織塊或載玻片上的組織切片中獲得強(qiáng)大的數(shù)據(jù)


技術(shù)原理

00000

▲兼容 H & E 染色以及 IF 染色 Visium HD 空間基因表達(dá)兼容 H &E 染色以及 IF 染色。

(可在同一組織切片上進(jìn)行高分辨率空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)分析)


Visium HD  芯片與基礎(chǔ)芯片技術(shù)比較

芯片型號(hào) VisiumVisium CytAssistVisium HD
分辨率 直徑 55um 直徑 55um2*2um, 全組織覆蓋
檢測(cè)范圍 mRNAmRNAmRNA
物種 全物種 人 / 小鼠 人 / 小鼠
組織兼容性 FFFF/FFPEFFPE(后面應(yīng)該會(huì)加入 FF)
捕獲原理 polyA 尾捕獲 探針?lè)ú东@ 探針?lè)ú东@
芯片大小 6.5 mm× 6.5 mm6.5 mm × 6.5 mm
11 mm × 11 mm
6.5 mm× 6.5 mm



案例展示




  每微米都蘊(yùn)藏著無(wú)限的探索潛力

666

這份 FFPE 人類乳腺導(dǎo)管原位癌樣本的 Visium HD 分析構(gòu)建了 一張無(wú)偏的全轉(zhuǎn)錄組圖譜,并鑒定出腫瘤微環(huán)境中的主要 細(xì)胞類型和狀態(tài)。


 H&E 染色結(jié)果
66
 Visium HD 基因表達(dá)數(shù)據(jù)
77

▲自信地繪制血管等小型生物結(jié)構(gòu)中細(xì)胞類型的空間排布。

  帶有癌癥區(qū)域(黃色)和免疫富集區(qū)域
(青色)的病理學(xué)注釋的 H & E 染色結(jié)果
6666
 Visium HD 基因表達(dá)數(shù)據(jù)
777

▲定位組織駐留細(xì)胞群,包括免疫細(xì)胞或癌細(xì)胞,以發(fā)現(xiàn)它們的相互作用以及對(duì)疾病或治療應(yīng)答的貢獻(xiàn)。

直觀的數(shù)據(jù)探索加速科學(xué)發(fā)現(xiàn)

999

Visium HD 數(shù)據(jù)是以 2  μm 以及多種拼接尺寸輸出的。上圖中的數(shù)據(jù)是在  8 μm 下可視化的。

  • 利用 Space Ranger 的一組分析流程來(lái)處理 Visium HD 空間 基因表達(dá)數(shù)據(jù)以及明場(chǎng)和熒光顯微鏡圖像。
  • 利用 Loupe Browser 對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行可視化和探索。
  • 利用不斷擴(kuò)大的第三方開(kāi)發(fā)的 R 和 Python 工具生態(tài)系統(tǒng)繼續(xù)對(duì) Visium HD 數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。


數(shù)據(jù)分析:Space Ranger & Loupe Browser

Visium HD 具備一體化的數(shù)據(jù)分析模式,使用 Space Ranger,可自動(dòng)將空間基因表達(dá)信息疊加在組織圖像上,將原始 fastQ 數(shù)據(jù)經(jīng)過(guò)質(zhì)控,比對(duì),定量等步驟后轉(zhuǎn)為 gene 表達(dá)矩陣,供分析人員進(jìn)行二級(jí)分析。還可以使用 Loupe Browser 進(jìn)一步可視化和探索 Visium HD 的數(shù)據(jù),同時(shí)兼容 R 和 Python 開(kāi)發(fā)的生態(tài)系統(tǒng)繼續(xù)分析 Visium HD 數(shù)據(jù)。



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