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伯豪生物
FFPE 樣本 | 空間轉(zhuǎn)錄組測序
 電子資料 調(diào)研問卷

技術(shù)簡介

HD

空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)不僅可以提供研究對象的轉(zhuǎn)錄組等數(shù)據(jù)信息,同時還能定位其在組織中的空間位置,對癌癥發(fā)病機制、神經(jīng)科學、發(fā)育生物學等眾多領(lǐng)域的研究來說都具有重要意義。目前該技術(shù)主要適用于新鮮冷凍組織樣本,臨床通常使用的 FFPE(福爾馬林固定石蠟包埋)樣本資源無法得到更加有效的應用。目前針對 FFPE 樣本的空間基因表達解決方案,可以從 FFPE 樣本中以高靈敏度和高特異性分析相關(guān)基因的空間表達信息。


伯豪優(yōu)勢

1、打破對新鮮冰凍樣本的局限性,使臨床上大量的 FFPE 樣本得到更加有效的利用;

2、RNA 模板連接(RTL) 探針集,具有高靈敏性和特異性,且探針集覆蓋了人和小鼠超過 18000 個基因;

3、可以結(jié)合更廣泛的病理信息和預后信息,篩選生物標記物、進行回顧性和縱向研究,揭示更廣泛更深入的生物學問題。

4、客戶可根據(jù):“課題組項目需求、樣本情況,自選適合的空間轉(zhuǎn)錄組測序平臺芯片(如下圖)".



實驗流程

伯豪生物 FFPE 樣本 | 空間轉(zhuǎn)錄組測序

樣本要求

1、滿足組織貼片實驗(不脫片);

2、RNA 完整性:DV200>50%。


分析流程

通過生物信息分析直觀地展示 spot 分群和 spot 亞群在組織切片上的空間分布以及差異基因的空間分布。此外,還提供個性化需求分析等豐富的分析內(nèi)容,包括單細胞數(shù)據(jù)與空轉(zhuǎn)數(shù)據(jù)的聯(lián)合分析等。

分析流程

圖 基于 spot 的 cluster 分類(t-sne 圖)和 cluster 在切片上的分布


分析流程 2

圖 海馬 marker HCPA 基因在切片上的表達分布(紅色區(qū)域表達量高)


分析流程 3

圖 根據(jù)病理信息選擇特定區(qū)域進行分析(或者多個區(qū)域進行比較分析)


分析流程 4

圖 不同細胞類群映射到切片上的結(jié)果





應用領(lǐng)域

1、生物標志物發(fā)現(xiàn);

2、臨床研究;

3、正常和病變組織。

參考文獻

文章名稱:Tertiary lymphoid structures generate and propagate anti-tumor antibody-producing plasma cells in renal cell cancer

發(fā)表時間:2022 年 3 月

發(fā)表期刊:Immunity

影響因子:31.428

發(fā)表單位:法國索邦大學 Cordeliers 研究院



電子資料

序號 文件類型 查閱
1 【畫冊】空間基因表達解決方案 點擊查看
2 【畫冊】石蠟樣本(FFPE)空間基因表達解決方案 點擊查看
3 【畫冊】新鮮樣本(FF)空間基因表達解決方案 點擊查看

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