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伯豪生物
全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
 電子資料  調(diào)研問卷

技術(shù)簡(jiǎn)介

轉(zhuǎn)錄組是特定物種、組織或細(xì)胞在特定生理狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄的所有 RNA 的集合,包括 mRNA 和 ncRNA, 其中 lncRNA(long non-coding RNA)是一類長(zhǎng)度超過 200nt 的 ncRNA,通過多種方式在表觀遺傳、轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄后水平發(fā)揮調(diào)控作用。全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序在研究 mRNA 的同時(shí),能夠發(fā)現(xiàn)大量的 lncRNA,并對(duì)其表達(dá)水平和轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析。當(dāng)進(jìn)一步開展 lncRNA 與 mRNA 的關(guān)聯(lián)分析時(shí),就可以深入研究 lncRNA 的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。

伯豪優(yōu)勢(shì)

樣本處理: 超過 200 種樣本的 RNA 抽提經(jīng)驗(yàn);易降解樣本、微量樣本的抽提解決方案;

文庫構(gòu)建: 兼容組織、細(xì)胞、FFPE、血漿、外泌體等特殊樣本的建庫能力;

質(zhì)控管理:ISO9001 認(rèn)證,Illumina CSPro 認(rèn)證;

數(shù)據(jù)分析: 學(xué)術(shù)界權(quán)威的算法和流程;針對(duì) mRNA、lncRNA 和 circRNA 的全面分析;靈活的定制分析。

樣本要求

樣本類型:total RNA

樣本總量:≥2μg

樣本濃度:≥50 ng/ul

分析流程

 全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)分析

全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序基礎(chǔ)分析與高級(jí)分析

案例展示

案例一

研究背景

肝細(xì)胞癌(HCC)是人類惡性腫瘤常見且具侵襲性的疾病之一。HCC 細(xì)胞會(huì)侵入靜脈系統(tǒng),進(jìn)而引發(fā)門靜脈腫瘤血栓疾病 PVTT。有研究表明 lncRNA 與 HCC 的發(fā)生相關(guān),但目前缺乏 lncRNA 與 HCC 轉(zhuǎn)移機(jī)制的關(guān)聯(lián)綜合分析。

研究成果

清華大學(xué)聯(lián)合上海東方肝膽醫(yī)院對(duì) 20 個(gè)肝癌病人的 60 個(gè)臨床樣本進(jìn)行了 RNA-Seq 分析,共鑒定到了 8603 個(gè)新的 lncRNA。其中 917 個(gè) lncRNA 在 TCGA 數(shù)據(jù)庫以及發(fā)表的肝癌數(shù)據(jù)庫中找到相關(guān)信息,235 個(gè) lncRNA 存在 CNVs 和 DNA 甲基化變化。利用統(tǒng)計(jì)學(xué)的方法對(duì)腫瘤與 PVTT 的 lncRNA 表達(dá)模式進(jìn)行了統(tǒng)計(jì),結(jié)果發(fā)現(xiàn),原發(fā)灶的 lncRNA 和正常組織相比表達(dá)量遠(yuǎn)比轉(zhuǎn)移組織 lncRNA 的差異大得多,且與 lncRNA 共表達(dá)的基因大多富集在細(xì)胞粘著、免疫反應(yīng)以及代謝過程等通路上。研究人員通過對(duì)肝癌細(xì)胞的 lncRNA 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,CNV 分析及甲基化檢測(cè),確認(rèn)了在肝癌細(xì)胞中新的 lncRNA 同樣具有作為生物標(biāo)志物的潛在價(jià)值。

 案例一全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序研究結(jié)果

參考文獻(xiàn)

Yang Yang, Chen Lei, Gu Jin et al. Recurrently deregulated lncRNAs in hepatocellular carcinoma.[J] .Nat Commun, 2017, 8:14421.


案例二

研究背景

哺乳動(dòng)物基因組中包含有約 23,000 個(gè)編碼基因,對(duì)這些相對(duì)有限的蛋白編碼基因進(jìn)行選擇性剪切,能夠確保生成數(shù)量上至少 10 倍以上的蛋白質(zhì)。通過改變 RNA 轉(zhuǎn)錄物的加工方式,將轉(zhuǎn)錄物的每個(gè)蛋白質(zhì)編碼部分或是剪除或是留下,形成了不同的成熟信使 RNAs,也就是進(jìn)行選擇性剪切可導(dǎo)致蛋白質(zhì)的多樣性。因此,一個(gè)基因可以以一種組織特異性或發(fā)育階段特異性的方式生成多個(gè)蛋白質(zhì)變異體(異構(gòu)體)。了解腫瘤發(fā)生過程中的剪接因子及其剪接事件將有助于研發(fā)新的靶向治療方法。

研究成果

研究人員采取傳統(tǒng)的反向遺傳學(xué)研究思路,首先對(duì)臨床肝癌病人的生存率和 mbnl3 表達(dá)量進(jìn)行了關(guān)聯(lián)分析。對(duì) MBNL3 在肝癌細(xì)胞中的表達(dá)機(jī)制進(jìn)行研究,結(jié)果發(fā)現(xiàn)肝癌細(xì)胞系以及臨床樣本中 MBNL3 的高表達(dá)是由 OCT4,SOX2 以及 NANOG 這三個(gè)轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控的。對(duì) MBNL3 的表型進(jìn)行研究,結(jié)果顯示 MBNL3 敲降的肝癌細(xì)胞系癌細(xì)胞的生長(zhǎng)顯著受到抑制。利用 RNA-seq 等技術(shù)對(duì) MBNL3 調(diào)控肝癌發(fā)生的具體分子機(jī)制進(jìn)行了深入研究,結(jié)果發(fā)現(xiàn) MBNL3 的過表達(dá)會(huì)導(dǎo)致 lncRNA-PXN-AS1 第四個(gè)外顯子顯著富集,lncRNA-PXN-AS1 不同的剪切體 PXN-AS1- L 以及 PXN-AS1- S 對(duì) PXN 具有相反的調(diào)控作用。該研究從性狀到基因定位,再到表型觀察繼而分子機(jī)制研究,完美地詮釋了反向遺傳學(xué)研究的精髓。

案例二全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序研究結(jié)果

參考文獻(xiàn)

Yuan Ji-Hang, Liu Xiao-Ning, Wang Tian-Tian et al. The MBNL3 splicing factor promotes hepatocellular carcinoma by increasing PXN expression through the alternative splicing of lncRNA-PXN-AS1.[J] .Nat. Cell Biol., 2017, 19: 820-832.

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