前面介紹 Space Ranger 的使用的時候有提到過，一種是自動對齊（只需要提供圖片文件），另外一種是手動對齊（除了需要提供圖片文件，還需要提供圖像組織位置跟 spot 對應(yīng)信息的 json 文件）。本文帶你一分鐘了解 10x空間轉(zhuǎn)錄組Visium 的 圖像手動對齊 應(yīng)該怎樣做！

具有完善基因表達(dá)數(shù)據(jù)和表型數(shù)據(jù)的大規(guī)模公共隊(duì)列為開發(fā)腫瘤預(yù)后標(biāo)志提供了可能。近年來，機(jī)器學(xué)習(xí)作為人工智能（AI）的分支，已經(jīng)被成功用于建立腫瘤患者預(yù)后和治療預(yù)測的模型。

10x Genomics在分析軟件這一塊還是非常給力的，開發(fā)的每個軟件都非常好用而且操作簡單，特別是安裝方便，基本解壓后就能用。對于10x的空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)主要用10x自己開發(fā)的Space Ranger來進(jìn)行前期的處理。

乳腺癌是發(fā)生在乳腺上皮組織的惡性腫瘤，它是威脅全球女性健康的嚴(yán)重的常見的惡性腫瘤之一，近年來的發(fā)病率與死亡率也逐漸升高。因此，尋找和發(fā)現(xiàn)有價值的乳腺癌生物標(biāo)志物已經(jīng)成為目前研究的一個重要方向。小編這次為大家分享兩篇關(guān)于研究乳腺癌DNA甲基化標(biāo)志物的文章（IF > 10），利用多組學(xué)數(shù)據(jù)分別從兩個方向篩選甲基化標(biāo)志物的研究。

婦科腫瘤是一種多發(fā)病，由于其致病因素較復(fù)雜，癌變組織結(jié)構(gòu)多樣，受神經(jīng)內(nèi)分泌因素影響的不斷變化，所在部位又極易受細(xì)菌或病毒感染，很早就受到人們重視。婦科生殖器腫瘤又以卵巢癌，子宮頸癌，子宮內(nèi)膜癌較為常見，這三種腫瘤并稱為婦科生殖系統(tǒng)三大惡性腫瘤。據(jù)有關(guān)數(shù)據(jù)統(tǒng)計，在我國每年約有1.5萬名女性死于卵巢癌，發(fā)病率雖次于宮頸癌和子宮內(nèi)膜癌，但死亡率卻占婦科惡性腫瘤之首。

單細(xì)胞RNA測序（scRNA-seq）技術(shù)的飛速發(fā)展使人們對組織中細(xì)胞種類、細(xì)胞的特殊狀態(tài)有了深入認(rèn)識。但是，scRNA-seq對于器官或者固體組織制備的細(xì)胞懸液的細(xì)胞活性和細(xì)胞數(shù)目有著較高的要求，這也意味著 “躺在”超低溫冰箱中的大量珍貴臨床樣本（腦組織，腫瘤組織等）都無法進(jìn)行scRNA測序。而單細(xì)胞核RNA測序技術(shù)（snRNA-seq）的出現(xiàn)，則在很大程度上解決了以上問題。

7月以DNA methylation為關(guān)鍵詞檢索到的文獻(xiàn)一共有723篇，小編在這里為大家精心挑選了以下7篇作為重點(diǎn)分享，包括胚胎發(fā)育、癌癥、疾病、甲基化標(biāo)志物以及多組學(xué)聯(lián)合分析的研究等。

7月單細(xì)胞測序高分文獻(xiàn)匯總，伯豪生物客戶發(fā)文單細(xì)胞高分文獻(xiàn)匯總。

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序雖好，但是限制也不少于是乎... 追求完美的科研達(dá)人們糾結(jié)ai又犯了...Show Time|單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組測序-—乘風(fēng)破浪呼嘯而來。

神經(jīng)系統(tǒng)結(jié)構(gòu)和功能復(fù)雜。基于單細(xì)胞技術(shù)對大腦不同組織進(jìn)行解析，可以從細(xì)胞水平上了解神經(jīng)系統(tǒng)的結(jié)構(gòu)、發(fā)育和發(fā)展過程。