在臨床前或臨床試驗(yàn)中，單細(xì)胞表達(dá)譜的分子分辨率可用于描述聯(lián)合免疫治療中潛在的協(xié)同、加性、中性或拮抗的細(xì)胞和分子活性。三陰性乳腺癌（TNBC）是一種常對化療產(chǎn)生耐藥性的惡性乳腺癌，這種耐藥性是由于化療對預(yù)先存在的克隆的選擇還是化療期間獲得了新的基因突變導(dǎo)致是一個(gè)長久未解決的問題。為了探究這個(gè)問題，科學(xué)家們利用單細(xì)胞 RNA-seq、單細(xì)胞 DNA-seq 和全外顯子測序研究了 20 名 TNBC 患者在接受新輔助化療（NAC）期間的基因及表達(dá)變化，相關(guān)研究成果 2018 年發(fā)表在《Cell》上 [1]。

深度外顯子測序發(fā)現(xiàn) 10 位患者 NAC 導(dǎo)致 clone 消失，而 10 位患者治療后 clone 一直存在，利用單細(xì)胞基因組測序探究拷貝數(shù)變異，鑒定耐藥基因。對不同治療時(shí)期的腫瘤細(xì)胞進(jìn)行差異表達(dá)基因分析發(fā)現(xiàn)，所有消退型患者在治療后 12 個(gè)已知的癌癥基因均下調(diào)，部分信號通路也下調(diào)。結(jié)合分析腫瘤細(xì)胞和正常細(xì)胞，發(fā)現(xiàn)治療后正常細(xì)胞亞群中 ACTA2 表達(dá)水平高，治療前腫瘤細(xì)胞亞群中 EPCAM 表達(dá)水平高。探究持續(xù)型患者的表型進(jìn)化，對每個(gè)患者進(jìn)行差異表達(dá)分析，僅有少量顯著基因（MYC，ERBB3，KIT，PI3KR1）已知與腫瘤相關(guān)，但耐藥基因在治療后出現(xiàn)了高度富集。

圖 工作流程圖 ^[1]

圖   CD8  T 細(xì)胞細(xì)分及功能富集 ^[1]

參考文獻(xiàn)：

[1]. Kim C, Gao R, Sei E, et al. Chemoresistance Evolution in Triple-Negative Breast Cancer Delineated by Single-Cell Sequencing[J]. Cell, 2018, 173(4):879-893.

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