十月份單細胞測序相關文獻共收集到 48 篇（IF>9），文末列表中列出文獻發(fā)表期刊、研究方向和技術平臺等信息，接下來先看看其中 5 篇。
文章展示
【標題】腸道類器官再生的表型特征
【平臺】10X
【期刊】Nature（IF=43.1）
【時間】2020-10-07
【摘要】體外單個成年腸道干細胞的腸道類器官的發(fā)展總結了腸道上皮的再生能力。本文中研究者使用基于圖像的篩選來分析已知的化合物文庫從而揭示了協(xié)調(diào)類器官形成和腸道組織再生的機制。他們對成千上萬的類器官多元特征輪廓進行描述，以定量描述它們的表型。然后，利用這些表型指紋圖來推斷調(diào)節(jié)性遺傳相互作用，從而建立了一種新的方法來映射應急系統(tǒng)中的遺傳相互作用。這使研究者能夠鑒定出調(diào)節(jié)細胞命運轉變并維持再生和體內(nèi)平衡的基因，從而揭示了先前未知的幾種途徑的作用，其中包括視黃酸信號傳導。然后，研究者表征了視黃酸核受體在調(diào)控再生狀態(tài)終止和誘導腸上皮細胞分化中的關鍵作用。通過將定量成像與 RNA 測序相結合，研究者揭示了內(nèi)源性視黃酸代謝在調(diào)控腸上皮細胞命運轉變的轉錄程序中的作用，并確定了類視黃醇 X 受體的抑制劑可改善體內(nèi)腸的再生。
【標題】單核 RNA 測序（snRNA-seq) 揭示了一個調(diào)節(jié)產(chǎn)熱的脂肪細胞亞群
【平臺】10X，smart-seq2
【期刊】Nature（IF=43.1）
【時間】2020-10-28
【摘要】脂肪組織通常根據(jù)其功能分為白色，棕色或米色（棕褐色）。它是全身代謝的重要調(diào)節(jié)劑，肥胖中的脂肪組織功能異常會導致各種繼發(fā)性代謝并發(fā)癥。此外，脂肪組織還可以作為信號樞紐，通過旁分泌和內(nèi)分泌信號調(diào)節(jié)全身代謝。本文中，研究者在小鼠和人中使用單核 RNA 測序（snRNA-seq) 分析來表征脂肪細胞異質(zhì)性。他們確定了小鼠的脂肪細胞的一個罕見的亞群，在較高的溫度下會大量增加，并且顯示該亞群通過乙酸鹽介導的生熱能力的調(diào)節(jié)來調(diào)節(jié)鄰近的脂肪細胞的活性。人脂肪組織中該亞群的細胞數(shù)量更多，這可以解釋與小鼠脂肪組織相比，人的致熱活性較低，并表明靶向該途徑可用于恢復致熱活性。
【標題】譜系分析揭示內(nèi)胚層對脊椎動物垂體發(fā)育的貢獻
【平臺】10X，
【期刊】Science（IF=41）
【時間】2020-10-22
【摘要】脊椎動物的感覺器官來自稱為 placodes 的上皮增厚。與神經(jīng)嵴細胞一起，顱底 placodes 被認為是促使脊椎動物頭部進化的外胚層新現(xiàn)象。前面的 placodes 產(chǎn)生垂體的內(nèi)分泌葉 [腺垂體（ADH）]，它是控制生長，代謝和繁殖的主腺。除了已知的外胚層貢獻，研究者在斑馬魚中使用譜系追蹤和延時成像來確定內(nèi)胚層對 ADH 的貢獻。成年垂體的單細胞 RNA 測序顯示內(nèi)胚層和外胚層上皮具有相似的能力，可以產(chǎn)生所有內(nèi)分泌細胞類型。此外，在幾乎沒有外胚層作用的情況下，內(nèi)胚層可以產(chǎn)生基本的 ADH 樣結構。魚的情況支持脊椎動物的垂體通過祖先的內(nèi)胚層原始垂體與新進化的扁平外胚層的相互作用而產(chǎn)生。
【標題】通過共享的單細胞 RNA 和染色質(zhì)譜檢測染色質(zhì)潛力
【平臺】10X
【期刊】Cell（IF=36.2）
【時間】2020-10-24
【摘要】細胞分化和功能收到多層次的基因調(diào)控，包括通過染色質(zhì)可及性的改變來調(diào)控基因表達。然而，分化是一個不同步的過程，從而對導致細胞命運方向的調(diào)控事件的理解變得困難。本文中，研究者建立了一種能夠在單細胞中同時高通量的檢測基因表達和染色質(zhì)可及性的方法 SHARE-seq，他適用于不同的組織。研究者使用小鼠皮膚的 34774 個節(jié)理剖面，開發(fā)了一種計算方法，用于鑒定順式 - 調(diào)控相互作用，且將與超級增強子顯著重疊的區(qū)域定義為調(diào)控染色質(zhì)域（DORC)。從發(fā)育上看，DORC 處的染色質(zhì)可及性早于基因表達，這表明染色質(zhì)可及性的變化可能會引發(fā)細胞發(fā)育方向。研究者通過計算推斷出染色質(zhì)的潛力，將其作為染色質(zhì) lineage-priming 的定量測量并用于預測細胞命運。SHARE-seq 是一個可研究組織中不同細胞之間的調(diào)節(jié)回路的擴展性平臺。
【標題】RNA 時間戳識別測序中的 RNA 年齡
【平臺】10X
【期刊】Nat Biotechnol（IF=31.86）
【時間】2020-10-19
【摘要】目前的單細胞 RNA 測序的方法只能提供有限的信息的動態(tài)基因表達。本文中，研究者提供了 RNA 時間戳，一種利用 RNA 編輯推斷 RNA seq 數(shù)據(jù)中單個 RNA 年齡的方法。通過引入時間戳，研究者用一個報告 motif 對 RNA 進行標記，該報告 motif 由多個 MS2 結合位點組成，該結合位點招募集與 MS2 衣殼蛋白上的腺苷脫氨酶 ADAR2。ADAR2 與標記的 RNA 結合會導致 A -to- I 編輯隨著時間積累，從而可以小時刻度精度推斷出 RNA 的年齡。通過結合同一啟動子驅(qū)動下多個帶有時間戳 RNA 的觀察，研究者可以確定啟動子何時激活。他們證明該系統(tǒng)可以推斷多個過去的轉錄事件的存在和時間。研究者根據(jù)過去的轉錄活性的時間，將該方法用于單個細胞的聚類。RNA 時間戳將允許將時間信息合并到 RNA-seq 工作流程中。
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